有机肥的使用时间因作物类型而异，比如种植果树，使用时间为膨果期，与平衡型复合肥、中微量元素肥一起使用效果更好。果实收获后，要追施越冬肥。
有机肥掺杂很多杂草种子、病菌、虫卵，使用前需发酵腐熟。发酵后，不能和碱性肥料、硝态氮肥一起使用，否则肥效会降低。
一、有机肥在什么时候施
1、有机肥的使用时间应该根据对象农作物的情况来决定，比如在果树上可以在梢膨果期使用，使用时要注意搭配平衡型复合肥、中微量元素肥，采果后再下冬肥，防止果品受损或伤根异常落果。
2、使用有机肥的时候，可以将有机肥与化肥搭配施用，取长补短，发挥各自的优势，在数量和时间上满足作物对各种营养元素的需要，有机肥需经过发酵处理后才可以使用。由于许多有机肥带有病菌、虫卵和杂草种子，如果没有发酵就使用在农作物上会导致农作物出现许多不良反应。
3、充分腐熟的有机肥不宜与碱性肥料混用，以免造成氨的挥发，降低有机肥养分含量。同时由于有机肥含有较多的有机物，也不宜与硝态氮肥混用。
二、有机肥在土壤里能起到什么作用
1、有机肥在土壤中能提供作物所需要的营养成分和各种有益元素。
2、能促进土壤中微生物的繁育，以及新开垦土地的熟化进程。
3、能提高土壤保肥保水能力，避免土壤酸度变化和土壤板结。
4、能减少养分固定，提高养分有效性。
5、加速土壤团聚体的形成，改善土壤理化性质，有助于作物根系的生长。
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